Barcoding vs. Shotgun: ¿qué análisis es mejor para tu estudio metagenómico?
La elección entre metabarcoding (Barcoding) y Metagenómica Shotgun es una de las decisiones más importantes al iniciar un estudio del microbioma. Cada método ofrece ventajas específicas en función del tipo de proyecto, la profundidad de análisis requerida y la pregunta científica que se quiere responder.
En Microomics, ayudamos a investigadores, laboratorios y equipos de I+D a seleccionar la tecnología ideal para obtener resultados fiables y accionables.
¿Qué es el Barcoding y para qué sirve?
El Barcoding (o metabarcoding) consiste en la secuenciación de regiones concretas del ADN para identificar microorganismos presentes en una muestra. Para bacterias, lo más común es utilizar el gen 16S, y para hongos las regiones 18S, ITS1/ITS2.
Ventajas del Barcoding
- Coste más reducido.
- Procesos más rápidos.
- Ideal para estudios exploratorios o primeras fases.
- Permite comparar perfiles microbianos entre muestras.
Limitaciones
- No aporta información funcional.
- Menor resolución taxonómica. Podemos asumir una resolución a nivel de género, siendo complicado llegar a nivel de especie. Esto dependerá de las regiones del amplificadas y del taxón en concreto.
Barcoding es la opción recomendada cuando la prioridad es conocer qué microorganismos hay y comparar abundancias.
¿Qué es la Metagenómica Shotgun?
La Shotgun Metagenomics secuencia todo el ADN presente en la muestra, ofreciendo una visión completa del microbioma. Incluye el análisis de todos los genes por lo que tendremos información funcional sobre la muestra.
Ventajas de la Shotgun
- Máxima resolución taxonómica.
- Acceso a genes, rutas metabólicas y funciones microbianas.
- Detección de resistencias antimicrobianas.
- Identificación de virus, arqueas y bacterias de baja abundancia.
Limitaciones
- Mayor coste.
- Requiere más profundidad de secuenciación y análisis.
Shotgun es ideal para estudios que buscan comprender qué microorganismos hay y qué están haciendo.
¿Qué opción elijo para mi proyecto?
Dependerá de:
- Tu pregunta científica.
- El nivel de detalle necesario.
- El presupuesto.
- La naturaleza de la muestra.
- El tipo de decisiones que deben tomarse con los resultados.
En Microomics, evaluamos cada caso y orientamos la selección de la tecnología más adecuada para garantizar la máxima calidad de los datos.
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