Metagenómica Barcoding

Trabajamos con una amplia variedad de matrices, con protocolos de extracción y purificación en más de 50 diferentes, incluyendo algunas de muy baja biomasa. Cada una tiene sus particularidades como contaminantes o inhibidores, que deberán abordarse de forma específica para conseguir una buena calidad de ADN para la construcción de librerías.

Algunos ejemplos de matrices son: Muestras humanas (heces, saliva, hisopos naso/orofaríngeos, piel/mucosas, strips), veterinarias (heces, biopsias, hisopos, orina), ambientales y agrícolas (suelo, rizosfera/raíces, agua dulce/marina filtrada, sedimentos, aire filtrado), superficies/biofilms e ingredientes y alimentos.

Las muestras biológicas deberán muestrearse, transportarse y almacenarse teniendo en cuenta los análisis posteriores a los que serán sometidas. Existen diferentes opciones para el muestreo como el uso de bacteriostáticos, usados para reducir los sesgos de muestreo.

También ofrecemos el servicio de optimización en nuevas matrices.

El metabarcoding 16S (y 18S/ITS para eucariotas/hongos) ofrece un perfil taxonómico de la comunidad microbiana con abundancias relativas por muestra y grupo.
Incluye diversidad alfa/beta, comparativas entre condiciones y taxones diferenciales como posibles biomarcadores. La resolución suele ser a género (especie cuando la región/DB lo permite: SILVA/UNITE), con límites de detección dependientes de la matriz y la profundidad.

Durante todo el proceso contarás con la asistencia de un Project Manager que te informará del estado de tu proyecto. Una vez finalizado el análisis, recibirás un archivo pdf con una guía y las credenciales para la descarga de los resultados desde el servidor de Microomics. Obtendrás los datos de secuenciación en bruto, un informe con el material y métodos del proyecto y un formato .html donde podrás navegar por los resultados mediante tablas y gráficos dinámicos, descargarte figuras y realizar comparativas entre modelos de comparación.

El tiempo de realización de cada proyecto varía considerablemente dependiendo del número de etapas que Microomics realice (extracción, preparación de librerías, secuenciación, bioinformática) así como del tipo de muestras analizadas y número de muestras. Para estudios de metabarcoding, los tiempos de entrega puede variar entre 4 y 12 semanas. Recomendamos contactar con nuestro equipo para obtener una aproximación más precisa.

La metagenómica por barcoding (metabarcoding 16S/18S/ITS) amplifica por PCR un gen marcador y genera perfiles taxonómicos con abundancias relativas; es más rápida y económica, pero con menor resolución (generalmente a género).
La metagenómica shotgun secuencia todo el ADN de la muestra (sin PCR dirigida), permitiendo identificación a especie/cepa, análisis funcional (genes) y recuperación de MAGs; requiere mayor profundidad, presupuesto y procesamiento bioinformático.
A modo de resumen; metabarcoding para caracterización comparativa eficiente del microbioma centrada en taxonomía; shotgun cuando se necesita máxima resolución y funciones. Recomendamos contactar con el equipo de Microomics y plantear los objetivos del proyecto para poder decidir sobre el tipo de aproximación al estudio del microbioma más adecuada.