Metagenómica shotgun

Nuestro servicio de análisis metagenómico shotgun es versátil y compatible con todo tipo de muestras:

• Humanas: microbioma intestinal, oral, piel o vaginal.
• Ambientales: microbioma de suelo, agua (marino, dulce), aire.
• Agroalimentarias: microbioma vegetal (endófitos, epífitos), alimentos fermentados, suelos, superficies industriales.
• Animales: microbioma de rumiantes, aves o peces.

Procesamos más de 50 matrices con protocolos validados, asegurando alta calidad en la extracción de ADN y secuenciación shotgun. No dudes en consultarnos sobre el tipo de muestras de tu estudio.

Cuando se requiere dar respuesta a las dos preguntas “¿qué microorganismos están presentes en esta muestra a nivel de especie?” y “¿qué capacidad metabólica tienen los microorganismos presentes en esta muestra?” Pudiendo identificar biomarcadores funcionales con valor pronóstico o diágnostico en estudios de evaluación de producto, manejo comparativo de grupos control-tratado, estudios longitudinales de caracterización, estudios descriptivos y otros diseños.

Depende de la complejidad de la matriz y los objetivos: desde 5–10 millones de lecturas por muestra (perfil taxonómico/funcional básico) hasta 20–50+ millones para MAGs o detección fina de genes escasos. Recomendamos que nos escribáis a través del formulario de contacto para poder valorar el proyecto en conjunto.

Durante todo el proceso contarás con la asistencia de un Project Manager que te informará del estado de tu proyecto. Una vez finalizado el análisis, recibirás un archivo pdf con una guía y las credenciales para la descarga de los resultados desde el servidor de Microomics. Obtendrás los datos de secuenciación en bruto, un informe con el material y métodos del proyecto y un archivo .html donde podrás navegar por los resultados mediante tablas y gráficos dinámicos, descargarte figuras y realizar comparativas entre modelos de alfa y beta diversidad.

Microomics cuenta con una sala blanca certificada propia para realizar las extracciones de ADN. Además, trabajamos con controles negativos (blancos de extracción/NTC) y positivos (mock community), generando puntos de control donde evaluamos el desarrollo del proyecto. Durante todo el proceso, estamos en contacto con el investigador informando sobre el avance de sus muestras por nuestro circuito.

La metagenómica por barcoding (metabarcoding 16S/18S/ITS) amplifica por PCR un gen marcador y genera perfiles taxonómicos con abundancias relativas; es más rápida y económica, pero con menor resolución (generalmente a género).
La metagenómica shotgun secuencia todo el ADN de la muestra (sin PCR dirigida), permitiendo identificación a especie/cepa, análisis funcional directo (genes/vías) y recuperación de MAGs; requiere mayor profundidad, presupuesto y procesamiento bioinformático.
A modo de resumen; metabarcoding para caracterización comparativa eficiente del microbioma; shotgun cuando se necesita máxima resolución y funciones. Recomendamos contactar con el equipo de Microomics y plantear los objetivos del proyecto para poder decidir sobre el tipo de aproximación al estudio del microbioma más adecuada.