Transcriptómica RNA-seq
Cuantificación de los niveles de expresión génica en diferentes condiciones experimentales
Servicio especializado
Cuantificación de los niveles de expresión génica
El transcriptoma es el conjunto de moléculas de ARN presentes en un ambiente celular en un momento determinado. La mayoría de este ARN proviene de la transcripción de genes activos bajo condiciones ambientales concretas.
La técnica de transcriptómica total RNA-seq cuantifica el ARN presente en una muestra como ARN mensajero, no codificante y precursores, en función de la preparación de la librería: selección poli-A (eucariotas) o ribodepleción (procariotas/total). El resultado es un perfil de expresión génica de alta resolución sobre el que realizamos análisis de expresión diferencial (genes que cambian entre condiciones) y análisis de enriquecimiento, entregando métricas sólidas (log2FC, FDR) y visualizaciones interpretables.
Como complemento a estudios de comunidades microbianas, la total RNA-seq (o su equivalente comunitario, la metatranscriptómica) aporta la capa funcional activa: mientras la metagenómica describe el potencial genético (qué genes hay), la RNA-seq revela qué genes se están expresando y en qué magnitud bajo un contexto concreto (tratamientos, tiempo, estrés). Integrar metagenómica + RNA-seq permite conectar taxones con funciones reales, priorizar dianas y comprender mecanismos biológicos con mayor precisión.
En MICROOMICS Systems ofrecemos un servicio de total RNA-seq orientado a proyectos académicos e industriales que necesitan cuantificar expresión génica en proyectos de biología celular, evaluación de producto, fármacos, tratamiento, condiciones de manejo, clínica humana y otros sectores.
¿Qué incluye nuestro servicio?
Asesoramiento científico-técnico
- Diseño experimental
- Estrategia de análisis
- Protocolo de muestreo
- Soluciones de logística de las muestras
- Servicio de biobanco y almacenamiento hasta su análisis
- Recepción y verificación de la calidad e integridad (RIN/DV200)
Preparación de librerías
- Selección cola poli-A, ribodepleción y protocolos especiales para low input
- Medida de calidad de la librería mediante electroforesis capilar
- Illumina NovaSeq 2×150 pb
- 40 millones de lecturas (20M paired-end) garantizados por muestra, ajustables
Análisis bioinformático personalizado
- Filtrado de calidad y validación con histórico de proyectos de la empresa
- Pipelines propias diseñadas para personalizar cada análisis
- Análisis de expresión diferencial y de enriquecimiento
- 2 horas de análisis post-entrega en cualquier estudio completo
Reunión de entrega de resultados
- Informes interactivos con gráficos y tablas dinámicas
- Contenido de material y métodos
- Figuras descargables preparados para publicar en la vanguardia de la técnica
Más información
Consulta las fichas técnicas de servicio.
Preguntas Frecuentes sobre nuestro Servicio de Transcriptómica RNA-seq
¿Qué muestras pueden analizarse?
Trabajamos sobre RNA ya extraído de tejidos, cultivos celulares, PBMC, plantas, microorganismos y FFPE. No incluimos la extracción de RNA. Requerimos cantidades totales a partir de 1000ng con volumen mínimo 25ul, concentración de 100ng/ul, pureza ODD260/280: 2.0-2.2 y ODD260/230: 2. En cualquier caso recomendamos contactar con nuestro equipo para informar sobre las calidades y estudiar si se requiere un protocolo para muestras de low input o muy degradadas por ejemplo en muestras parafinadas.
Te facilitamos un checklist de envío (RNase-free, hielo seco/–80 °C) y validamos viabilidad antes de empezar el servicio de RNA-seq.
¿Cómo elegís el tipo de librería: poli-A o ribodepleción?
Trabajamos adaptando los protocolos al tipo de proyecto. Para eucariotas una técnica muy utilizada es la selección poli-A (mRNA-seq); para procariotas o total ARN aplicamos ribodepleción (elimina rRNA y capta mRNA/lncRNA/sARN). Recomendamos librerías stranded para dirección de transcripción. Ajustamos el protocolo si es low-input o si necesitas capturar ARNs no codificantes.
¿Cómo recibiré los resultados?
Durante todo el proceso contarás con la asistencia de un Project Manager que te informará del estado de tu proyecto. Tendrás visibilidad completa de tu servicio de transcriptómica. Una vez finalizado el análisis, recibirás un archivo pdf con una guía y las credenciales para la descarga de los resultados desde el servidor de Microomics. Obtendrás los datos de secuenciación en bruto, un informe con el material y métodos del proyecto y un formato .html donde podrás navegar por los resultados mediante tablas y gráficos dinámicos, descargarte figuras y realizar comparativas entre modelos de comparación.
¿Cuánto tiempo tarda el análisis?
El tiempo de realización de cada proyecto varía considerablemente dependiendo del número de etapas que Microomics realice (preparación de librería, secuenciación, bioinformática) así como del tipo de tecnología analizada y número de muestras. Para estudios de transcriptómica, los tiempos de entrega puede variar entre 6 y 12 semanas. Recomendamos contactar con nuestro equipo para obtener una aproximación más precisa.
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